Mikroorqanizmlər adi gözlə görünmədiklərindən əvvəllər onlar haqqında kifayət qədər məlumat olmamışdır. Bu baxımdan onları bitkilər və heyvanlar olmaqla iki qrupa bölmüşlər.

Müasir təsnifatda isə mikroorqanizmlər hüceyrəvi quruluşlarının olub-olmamasına görə qruplaşdırılır. Hüceyrəvi quruluşu olmayanlar viruslardır. Onlar nuklein turşuları və zülal molekullarından təşkil olunmuşdur. Viruslar nuklein turşularından ancaq birinə (RNT və ya DNT) malikdir. Sərbəst qidalanmaq və çoxalmaq qabiliyyətinə malik deyildir. Yalnız canlı hüceyrə daxilində çoxalır və müxtəlif xəstəliklər törədir.

Hüceyrəvi quruluşa malik mikroorqanizmlərin həm prokariotlar, həm də eukariotları arasında parazit nümayəndələri çoxdur. Parazit nümayəndələrdə parazitliklə əlaqədar bir sıra uyğunlaşmalar yaranmışdır.

Bilirsiniz ki, mikroorqanizmlər çox kiçik ölçüyə malik olmaları ilə səciyyələnir. Bunların arasında 0,01-100 mkm ölçüsü olan nümayəndələrə də rast gəlinir. Mikroorqanizmlərə, əsasən, virus və bakteriyalar, göbələk, bitki və heyvanların bəzi nümayəndələri daxildir. Bu səbəbdən onların quruluşu, bioloji xüsusiyyətləri, ekologiyası, canlı və cansız təbiətdəki rolları bir-birindən fərqlidir

Mikroorqanizmləri karbon və azot mənimsəməsinə görə fərqləndirirlər:

1. Karbon mənimsəmə xüsusiyyətlərinə görə avtotrof və heterotrof;

2. Azot mənimsəmə xüsusiyyətinə görə aminoavtotrof və aminoheterotroflar.

Avtotroflar üzvi maddələri sintez etmək üçün qeyri-üzvi birləşmələrdən, əsasən, sudan və karbon qazından, heteretroflar isə karbon mənbəyi kimi üzvi maddələrdən istifadə edir. Aminoavtotroflar zülal sintezi üçün azot mənbəyi kimi ya havanın azotundan, ya da ammonium duzlarından, aminoheterotroflar isə azot mənbəyi kimi amin turşularından və zülallardan istifadə edir.