Нумерацию атомов углерода цепи начинают с атома углерода карбоксильной группы:

По рациональной номенклатуре положение аминогруппы в цепи указывают буквами греческого алфавита (α, β, γ и др.). В этом случае обозначение начинают с атома углерода, связанного с карбоксильной группой:

Изомерия. Для аминокислот характерны два вида изомерии - структурная и пространственная (стереоизомерия). Структурная изомерия обусловлена строением углеродной цепи ( A, A' ) и положением аминогруппы в цепи относительно карбоксильной -COOH группы( B, B'), например: