После этого русское командование продолжило оккупацию других территорий на севере Азербайджана.

Оккупация Бакинского и Губинского ханств. В июне 1806 года русские войска, захватив Дербент, находившийся в подчинении губинского хана, направились в Баку. Русский генерал направил жителям города Баку обращение. В обращении была обещана неприкосновенность населения. Гусейнгулу хан, учитывая неравное соотношение сил, отправился во дворец Гаджаров.

Осенью 1806 года Бакинское и Губинское ханства были оккупированы Россией. Таким образом, северная территория Азербайджана, за исключением Лянкяранского, Иреванского и Нахчыванского ханств, перешла под власть России.

Царское правительство после захвата Губинского и Бакинского ханств стремилось заключить мир с Фатали шахом Гаджаром, так как русское командование предвидело неизбежность войны с Османским государством. Царское правительство даже было согласно на подписание временного перемирия, однако переговоры затянулись.

В 1808 году русская армия вновь перешла в наступление на Иреван и осадила его. Длительная осада завершилась неудачей для русских войск. Гаджарская армия, возглавляемая Аббасом Мирзой, в 1809 году в сражении близ селения Гарабаба нанесла поражение русским войскам.

Восстания на оккупированных азербайджанских территориях. В 1806 году, сразу после убийства Ибрагимхалил хана гарабагского, Селим хан шекинский прервал отношения с Россией. Он поднял народ на борьбу, изгнал русские войска из Шекинского ханства. Воодушевленное этим Джаро-Балакенское джамаатство тоже подняло восстание. Для подавления восстания в Шекинском ханстве русское командование выслало туда военные части. Близ Шеки произошло решающее сражение. В этом сражении отряды Селим хана шекинского потерпели поражение.

Русские войска осадили город Шеки. Жители города продолжали оказывать сопротивление. Однако, сопротивление населения было сломлено и русские захватили Шеки. Селим хан бежал во дворец Гаджаров.

После захвата Шеки русские войска также подавили восстание в Джаро-Балакене. Однако русская армия потеряла значительное число солдат, включая и одного генерала.