Осенью 1806 года Бакинское и Губинское ханства были оккупированы Россией. Таким образом, северная территория Азербайджана, за исключением Лянкяранского, Иреванского и Нахчыванского ханств, перешла под власть России.

Царское правительство после захвата Губинского и Бакинского ханств стремилось заключить мир с Фатали шахом Гаджаром, так как русское командование предвидело неизбежность войны с Османским государством. Царское правительство даже было согласно на подписание временного перемирия, однако переговоры затянулись.

В 1808 году русская армия вновь перешла в наступление на Иреван и осадила его. Длительная осада завершилась неудачей для русских войск. Гаджарская армия, возглавляемая Аббасом Мирзой, в 1809 году в сражении близ селения Гарабаба нанесла поражение русским войскам.

То доверие, которое Ибрагимхалил хан питал к русским, и погубило его. Спустя год, он вместе с семьей был убит русскими военными. Как писал азербайджанский историк, живший в первой половине XIX века, «некоторые злонамеренные люди так оклеветали хана в глазах майора (имеется в виду русский майор Лисаневич), что майор вместе с отрядом бойцов посреди ночи отправился в резиденцию хана и здесь, по воле рока, они предали смерти Ибрагимхалил хана с некоторыми членами его семьи и приближенными».

История Азербайджана, IV том

Восстания на оккупированных азербайджанских территориях. В 1806 году, сразу после убийства Ибрагимхалил хана карабахского, Селим хан шекинский прервал отношения с Россией. Он поднял народ на борьбу, изгнал русские войска из Шекинского ханства. Воодушевленное этим Джаро-Балакенское джамаатство тоже подняло восстание. Для подавления восстания в Шекинском ханстве русское командование выслало туда военные части. Близ Шеки произошло решающее сражение. В этом сражении отряды Селим хана шекинского потерпели поражение.

Русские войска осадили город Шеки. Жители города продолжали оказывать сопротивление. Однако, сопротивление населения было сломлено и русские захватили Шеки. Селим хан нашел прибежище во дворце Гаджаров.

После захвата Шеки русские войска также подавили восстание в Джаро-Балакене. Однако русская армия потеряла значительное число солдат, включая и одного генерала.